（1）不能直接觀察到切削情況。僅憑聲音、看切屑、觀察機床負荷、油壓等參數來判斷排屑與鉆頭磨損情況。
（2）切削熱不易傳出。
（3）排屑較困難，如遇切屑阻塞則會引起鉆頭損壞。
（4）因鉆桿長、剛性差、易振動，會導致孔軸線易偏斜，影響到加工精度及效率。
（5）主軸和刀具導向套、刀桿支撐套、工件支承套等中心線的同軸度應符合要求；切削液系統應暢通正常；工件的加工端面上不應有中心孔，并避免在斜面上鉆孔；切屑形狀應保持正常，避免生成直帶狀切屑；采用較高速度加工通孔，當鉆頭即將鉆透時，應降速或停機以防損壞鉆頭。
（6）深孔加工切削油：深孔加工過程中會產生大量的切削熱，并不易擴散，需要供給充足的切削液潤滑冷卻刀具。一般選用1:100 的乳化液或極壓乳化液；需要較高加工精度和表面質量或加工韌性材料時，選用極壓乳化液或高濃度極壓乳化液，切削油的運動黏度通常選用（40℃）10 ～ 20cm2/s，切削油流速為15 ～ 18m/s；加工直徑較小時選用黏度低的切削油；要求精度高的深孔加工，可選用切削油配比為40% 極壓硫化油 40% 煤油 20% 氯化石蠟。